W roku 2194, z dalekiego kosmosu pojawiają się niespodziewanie tajemnicze istoty, znane jako Gamiloni. Gamiloni zrzucają na Ziemię bomby z meteorów i zabijają większość mieszkańców. Pięć lat później, w 2199, Ziemia jest nadal skażona promieniowaniem, a ci, którzy pozostali, żyją w podziemiach. Susumu Kodai, to były pilot armii, obecnie na emeryturze. Pewnego dnia, podczas badania powierzchni, natyka się na komunikacyjną kapsułę z planety Iscandar, która znajduje się 148000 lat świetlnych od Ziemi. Susumu Kodai jest w stanie stwierdzić, że na Iscandarze istnieje substancja, która może usunąć radioaktywny czynnik nękający powierzchnię Ziemi.