A MakeMKV nie używałeś? On zwykle sobie radzi z takimi problemami.
A program nie wskazuje po muksowaniu, że mogą występować jakieś niezgodności? Jeśli nie, to raczej kiepsko. Może błąd jest po stronie odtwarzacza. MPC obsługuje też ścieżki audio z zewnętrznych plików, może to jakieś rozwiązanie, ale przypuszczam, że to nic nie da. Ewentualnie zgłoś problem na forum MakeMKV.